Từ lúc chuyển tới thành phố New York, đồng thời làm việc, Johnson dành cả đời cho các hoạt động cùng cộng đồng LGBT. Johnson là một trong những Drag queen đầu tiên đến Stonewall Inn, sau khi họ bắt đầu cho phép phụ nữ và Drag queen vào trong. Trước đó, đây là quán bar chỉ dành cho những người đồng tính nam. Tình hình mâu thuẫn xã hội về đồng tính bắt đầu gia tăng. Vào sáng sớm ngày 28 tháng 06 năm 1969, Bạo loạn Stonewall đã xảy ra. Hai đêm đầu tiên, bạo loạn đầu tiên diễn ra dữ dội nhất, các cuộc đụng độ với cảnh sát dẫn đến một loạt diễn biến biểu tình tự phát và diễu hành qua các khu phố đồng tính của Làng Greenwich trong khoảng một tuần sau đó.[29]

Johnson cùng với Zazu Nova và Jackie Hormona những người biểu tình Stonewall được David Carter phỏng vấn và ký sự ghi lại trong cuốn sách của ông, Stonewall: The Riots That Sparked the Gay Revolution. Đây là ba cá nhân được biết đến như là những người tiên phong, đẩy lùi chống lại cảnh sát trong cuộc nổi dậy.[29] Johnson đã phủ nhận là người bắt đầu cuộc nổi dậy. Gần 20 năm sau, năm 1987, Johnson kể lại rằng đã đến Stonewall vào khoảng 2:00 sáng, khi mà cuộc bạo loạn đã và đang diễn ra, tòa nhà Stonewall bốc cháy sau khi cảnh sát tiến hành đốt. Báo cáo ghi chép cuộc bạo loạn đã miêu tả rằng, cuộc bạo loạn bắt đầu vào khoảng 01h20 sáng hôm đó trong cuộc mâu thuẫn, sau khi Stormé DeLarverie hành động chống lại viên cảnh sát địa phương đã cố gắng bắt giữ cô.[29]

Vào đêm đầu tiên, Johnson đã ném kính vào gương trong quán bar bị đốt cháy, thúc đẩy hoạt động của nhóm cộng đồng LGBT.[29] Có nhiều ý kiến về lúc ban đầu của cuộc bạo loạn. Có ý kiến cho rằng, Johnson đã hành động nổi trội và mạnh mẽ, tuy nhiên không thể xác minh. Vụ việc xác minh Johnson ném kính cũng đã bị tranh cãi nặng nề. Trong tác phẩm của mình, David Carter viết, Johnson đã ném gạch vào một sĩ quan cảnh sát.[30] Nhiều người đã chứng thực rằng vào đêm thứ hai, Johnson đã trèo lên một cột đèn và thả một cái túi gạch xuống một chiếc xe cảnh sát, làm vỡ kính chắn gió.[29]

Sau cuộc Bạo loạn Stonewall, Johnson đã tham gia Mặt trận Giải phóng Đồng tính (GLF) và tham gia cuộc biểu tình Giải phóng Đồng tính phố Christopher lần thứ nhất vào tháng 06 năm 1970, kỷ niệm một năm sau Bạo loạn Stonewall. Tháng 08 năm 1970, một cuộc đối thoại trực tiếp của Johnson về chủ đề ủng hộ giải phóng người đồng tính diễn ra tại Hội trường Weinstein, Đại học New York cùng với các thành viên GLF, một trong những hành động trực tiếp đáng chú ý của Johnson.[31] Không lâu sau đó, Johnson và người bạn thân Sylvia Rivera đã đồng sáng lập tổ chức Cách mạng hành động đường phố Transvestite (S.T.A.R.). Hai người họ đã trở thành một biểu tượng hữu hình tại các cuộc tuần hành phong trào giải phóng đồng tính và các hành động chính trị cấp tiến khác. Năm 1973, Johnson và Rivera đã bị chính quyền cấm tham gia vào cuộc diễu hành cộng đồng của cộng đồng đồng tính. Phản ứng của Johnson là diễu hành một cách đầy thách thức.[32] Trong một cuộc biểu tình vì quyền của người đồng tính tại Tòa thị chính New York vào đầu những năm 70, với những tấm ảnh được chụp bởi Diana Davies, một phóng viên đã hỏi Johnson tại sao nhóm này biểu tình, Johnson đã hét vào micro: Darling, bây giờ tôi muốn quyền đồng tính của mình!.[33][34]

Những năm này, Johnson đã phải đối mặt với các sĩ quan cảnh sát nhiều lần ở New York. Khi cảnh sát thực hiện vụ bắt giữ, Johnson đã đánh họ bằng một chiếc túi xách, trong đó có hai viên gạch. Khi được thẩm phán yêu cầu giải thích, Johnson tuyên bố rằng đang cố gắng đảm bảo đủ tiền cho bia mộ cho chồng của mình. Trong thời gian này, hôn nhân đồng giới là bất hợp pháp tại Hoa Kỳ, thẩm phán đã hỏi chuyện gì đã xảy ra với người chồng bị cáo, Johnson trả lời: Lợn bắn anh ta (Pig shot him).[Ghi chú 6] Johnson bị bị kết án 90 ngày tù vì vụ tấn công, cuối cùng luật sư của Johnson đã thuyết phục và chuyển sang giam trong Bệnh viện Bellevue.

Sau đó, cùng Rivera, Johnson đã thành lập Nhà Transvestite (STAR), nơi trú ẩn cho những đứa trẻ đồng tính và chuyển giới vào năm 1972, trả tiền thuê nhà bằng tiền mà họ làm công nhân tình dục.[35] Johnson một thời gian dài đã cố gắng làm việc để cung cấp thực phẩm, quần áo, hỗ trợ tình cảm và ý thức về gia đình cho các Drag queen trẻ, phụ nữ chuyển giới, những người không tuân thủ giới tính và những đứa trẻ đường phố đồng tính khác sống ở bến cảng phố Christopher, rồi cả Lower East Side của New York.[36]

Trong những năm 1980, Johnson tiếp tục đóng vai trò tích cực trong hoạt động biểu tình đường phố với tư cách là một nhà tổ chức và người đáng kính với phong trào ACT UP. Năm 1992, khi đài tưởng niệm Stonewall của George Segal được chuyển đến phố Christopher từ Ohio để đẩy mạnh phong trào giải phóng đồng tính, Johnson đã bình luận: Có bao nhiêu người đã chết để khiến cho hai bức tượng nhỏ này được đưa vào công viên, để nhận ra người đồng tính? Bao nhiêu năm nữa thì con người thấy được rằng tất cả chúng ta đều là anh chị em, đều là loài người? Ý tôi là mọi người phải mất bao nhiêu năm để thấy rằng tất cả chúng ta trong cuộc đua chuột cùng nhau.[Ghi chú 7][37]

Jonshon đã có nhiều phát biểu về lĩnh vực mà mình theo đuổi, vì công cuộc giải phóng người LGBT. Có thể kẻ đến những câu nói của bà như: Tôi không là ai, không ai, từ không chỗ nào, cho đến khi tôi trở thành Drag queen[38]; Tôi có thể bị điên, nhưng điều đó không làm tôi sai; Chúng tôi muốn thấy tất cả những người đồng tính có cơ hội bình đẳng, như những người thẳng thắn ở Mỹ. Chúng tôi tin vào việc nhặt một khẩu súng và bắt đầu một cuộc cách mạng nếu cần thiết; Bạn không bao giờ hoàn toàn có quyền của mình, một mình bạn, cho đến khi tất cả các bạn có quyền của mình; Khi mà người của tôi không có quyền của họ trên khắp nước Mỹ, không có lý do gì để ăn mừng; Mọi người đã mất bao nhiêu năm để nhận ra rằng tất cả chúng ta đều là anh chị em và loài người trong con đường của loài người?.[39]